Powstanie Biblioteki Bernardynów w Krakowie związana jest z przybyciem do tego miasta w sierpniu 1453 Jana Kapistrana i fundacją przez kardynała Zbigniewa Oleśnickiego pierwszego klasztoru bernardynów. Wraz z klasztorem powstała biblioteka, która rozwijała się pomyślnie i przetrwała prawie nienaruszona do czasów współczesnych, z wyjątkiem pewnych strat w XIX wieku. W listopadzie 1938 biblioteka została przekształcona w Centralną Bibliotekę Prowincji. Do zbiorów Biblioteki zaczęły trafiać rękopisy i stare druki do 1800 roku włącznie z bibliotek bernardyńskich.
Po II wojnie światowej do konwentu krakowskiego zaczęły napływać transporty książek z klasztoru we Lwowie, który w 1946 r. uległ kasacie oraz z innych zniesionych klasztorów bernardyńskich na wschód od granicy na Bugu i Sanie. W lutym 1962 roku Zarząd Prowincji Bernardynów specjalnym Dekretem potwierdził erekcje Biblioteki Prowincji.
Dyrektorami biblioteki od jest powstania w 1938 byli:
- Romuald Gustaw 1938/1950
- Kajetan Grudziński 1962/1978
- Andrezj Pabin 1978/2020
- Nazariusz Popielarski 2020